O Museu da Fundação Maria Isabel Guerra Junqueiro e Luís Mesquita de Carvalho abriu ao público em 2000. Encontra-se instalado num palacete do século XVIII localizado em frente à Casa-Museu Guerra Junqueiro. O edifício pertenceu à família Freire de Andrade, cujo brasão ostenta na fachada, foi adaptado interiormente a pedido da Fundação à Câmara Municipal do Porto. Todo o edifício foi posteriormente pintado e reparado, o interior foi tratado, adaptado e melhorado.

Toda a colecção de arte reunida pelo Poeta Guerra Junqueiro encontra-se distribuída pelos dois museus fronteiros - o Museu da Fundação e a Casa-Museu - na mesma rua D. Hugo, na cidade do Porto.