A região algarvia, através de Estácio da Veiga, ansiava pela abertura de um Museu Arqueológico no Algarve. A Câmara Municipal de Faro dá corpo a essa vontade e, a 4 de Março de 1894, inaugura o Museu Archeologico e Lapidar Infante D. Henrique, em três salas dos Paços do Concelho. A Implantação da República e a necessidade de reorganização administrativa levou a que o museu, em 1914, fosse transferido para a Igreja do antigo Convento dos Capuchos aí permanecendo até 1973. É durante este período que as suas coleções se diversificam, passando de um museu exclusivamente arqueológico para um museu de cidade, com múltiplas doações. Quase cinco décadas após surgir a ideia, através de José de Figueiredo, de instalar o museu no antigo Convento de Nossa Senhora da Assunção, a autarquia compra o edifício e a DGEMN realiza as obras de adaptação. O museu reabre ao público em 1981. Em 1998 inicia-se um novo ciclo na vida desta centenária instituição e constitui-se uma equipa multidisciplinar visando a afirmação do papel do museu na sociedade. Em 2005 o museu recebe o Prémio de Melhor Museu Português pelo triénio 2002-2005, atribuído pela Associação Portuguesa de Museologia.