O Museu Arqueológico do Carmo, instalado nas Ruínas da antiga Igreja do Carmo, foi fundado em 1864, um ano após a fundação da Associação dos Arqueólogos Portugueses, constituindo-se como o primeiro Museu português de Arte e Arqueologia.

Respondeu, inicialmente, ao desejo e empenho do seu fundador, Joaquim N. Possidónio da Silva. Procurou-se, então, salvaguardar obras de arte que se encontravam ao abandono e em risco de destruição nos mosteiros e conventos portugueses, após a extensão das Ordens Religiosas (1834). Foi também seu objetivo criar um museu didático, para o que mandou fazer réplicas de peças de escultura e arquitetura, através das quais o público poderia ter conhecimento sobre a evolução e principais criações das diferentes civilizações, ao longo dos tempos, criando também, para isso, uma biblioteca especializada. Desde então, outras coleções deram entrada no Museu como a coleção Pré-colombiana, artefactos pré-históricos, provenientes de diferentes escavações.